Dès 1965, il évolue dans la sphère de la Factory. Après avoir réalisé des performances avec le groupe Velvet Underground, produit par Andy Warhol, il devient l’un de ses proches collaborateurs. Il travaillera à ses côtés au lancement du magazine Interview et sur certaines séries comme celles des « Piss paintings », pour laquelle Warhol lui demandera de prendre des doses supplémentaires de vitamine B pour améliorer la réactivité à l’oxydation de son urine. Il immortalisera la vie quotidienne de la Factory à travers une série de photographies couleur en 3D stéréoscopiques, comprenant des images de Warhol au travail et des clichés de ses visiteurs parmi lesquels figurent Mick Jagger, Debbie Harry, Dennis Hopper ou Paloma Picasso.

Acteur de cette époque, il sera le témoin privilégié de mouvements artistiques allant du punk au pop. C’est dans ce contexte que Cutrone va développer sa propre pratique artistique et une imagerie post- Pop mettant en scène des personnages emblématiques tels que Woody Woodpecker, Bart Simpson et Bugs Bunny. Ses œuvres, véritables témoignages de l’effervescence créative de New York, ont été exposées pour la première fois à la Richard Feigen Gallery en 1969 et figurent dans d’importantes collections privées et publiques depuis son succès à Art Basel en 1982.